लेह में 24 सितंबर के हिंसक घटनाक्रम के बाद, वांगचुक पर केंद्रीय गृह मंत्रालय (एमएचए) ने आरोप लगाया है कि वह अपने प्रेरक भाषणों के माध्यम से हिंसा को बढ़ावा दे रहे हैं। पुलिस उनके संभावित पाकिस्तानी संबंधों की जांच कर रही है। एमएचए ने हिमालयी वैकल्पिक शिक्षा संस्थान (एचआईएएल) को भी जमीन आवंटन रद्द कर दिया है, जिसकी स्थापना उनके साथ उनकी पत्नी डॉ. गीतांजलि अंगमो ने की थी।
वांचुक के एनजीओ स्टूडेंट्स एजुकेशनल मूवमेंट ऑफ लद्दाख (एसईसीएमओएल) के फीसीआरए लाइसेंस को भी एमएचए ने रद्द कर दिया है, जो कथित तौर पर उल्लंघन के कारण है। लेह में हिंसा के बाद से सामान्य हालात वापस आ रहे हैं। लेह में पूरे दिन कर्फ्यू को आराम दिया जा रहा है और कल से 8वीं कक्षा तक के विद्यालय खुल गए हैं। हालांकि, लेह जिले में मोबाइल इंटरनेट और pubic वाई-फाई सेवाएं अभी भी सस्पेंड हैं।
लद्दाख के लिए उपराज्यपाल काविंदर गुप्ता ने एक सुरक्षा समीक्षा बैठक के दौरान कहा कि शांति और विकास को एक साथ लाया जाएगा। उन्होंने कहा, “शांति और विकास को एक साथ लाने से लद्दाख को एक समृद्धि की ओर ले जाया जा सकता है।” उन्होंने कहा कि लद्दाख प्रशासन विकास पर ध्यान केंद्रित करेगा और सुरक्षा एजेंसियों को अलर्ट, प्रतिक्रियाशील और लोगों के साथ मित्रवत रहने के लिए निर्देशित किया जाएगा। उन्होंने यह भी कहा कि लद्दाख प्रशासन की प्राथमिकता हर निवासी की सुरक्षा, सुरक्षा और स्वास्थ्य होनी चाहिए।