लेह में 24 सितंबर के हिंसक घटनाओं के बाद, वांगचुक पर केंद्रीय गृह मंत्रालय (एमएचए) ने उसके प्रेरक भाषणों के माध्यम से हिंसा भड़काने का आरोप लगाया है, जिसके लिए पुलिस उसके कथित पाकिस्तानी संबंधों की जांच कर रही है। एमएचए ने हिमालयी वैकल्पिक शिक्षा संस्थान (एचआईएएल) को भी जमीन आवंटन रद्द कर दिया है, जिसकी स्थापना वांगचुक ने अपनी पत्नी डॉ. गीतांजलि अंग्मो के साथ की थी। एमएचए ने वांगचुक के एनजीओ – लद्दाख के छात्र शैक्षिक आंदोलन (एसईसीएमओएल) के फीसीआरए लाइसेंस को भी रद्द कर दिया है, जिसके लिए कथित उल्लंघन का आरोप लगाया गया है।
लेह में हिंसक घटनाओं के बाद सामान्यता की वापसी हो रही है, जिसमें लेह में पूरे दिन कर्फ्यू को आराम दिया जा रहा है और कल से 8वीं कक्षा तक के स्कूल खोल दिए गए हैं। हालांकि, जिले में मोबाइल इंटरनेट और pubic वाई-फाई का सेवा बंद है जो 24 सितंबर के हिंसक घटनाओं के बाद से ही बंद है। लद्दाख के उपराज्यपाल कविंदर गुप्ता ने सुरक्षा समीक्षा बैठक के दौरान कहा कि सामान्यता की वापसी के साथ विकास को भी तेजी से बढ़ावा दिया जाएगा। उन्होंने कहा, “शांति और विकास को एक साथ लाना होगा ताकि लद्दाख को समृद्ध बनाया जा सके।” उन्होंने कहा कि यूटी प्रशासन विकास पर ध्यान केंद्रित करेगा और सुरक्षा एजेंसियों को सतर्क, जवाबदेह और लोगों के प्रति दयालु रहने के लिए निर्देशित किया है। उन्होंने यह भी कहा कि यूटी प्रशासन की प्राथमिकता है कि हर निवासी की सुरक्षा, सुरक्षा और स्वास्थ्य को सुनिश्चित किया जाए।